真菌毒素是真菌生長過程中產生的代謝物，會污染作物中的食物，對人們的健康造成一定的危害，對食物造成巨大的危害，因此需要檢測食物中的真菌毒素。那食品中真菌毒素的檢測方法有哪些呢？

一、薄層層分析法：
     薄層分析是用適當的提取溶劑從樣品中提取霉菌毒素，經柱層分析凈化，然后在薄層板上層分析，利用霉菌毒素的熒光性，根據熒光斑的強度和標準進行比較。TLC樣品預處理繁瑣，提取凈化效果不理想，提取液中雜質較多，影響展開時斑點的熒光強度。
二、色譜法：
     色譜法，包括薄層色譜、氣相色譜、液相色譜等，一直是真菌毒素的重要化學分析方法。現在更常見的真菌毒素分析方法是液相色譜法，包括液相色譜-質譜聯合技術。該方法快速準確，但需要昂貴的儀器設備，僅限于專業檢測機構的科研、調查、分析和監測，未能在企業和基層廣泛推廣，其滯后效應大大降低了實際生產的指導效果。
三、免疫化學檢測法:(膠體金免疫層析法，酶聯免疫吸附法)
     免疫檢測方法是一種基于抗體與抗原或半抗原之間的選擇性反應的生物化學分析方法。通常選擇性高，檢出限低，廣泛應用于各種抗原、半抗體或抗體的測定，一般可分為熒光免疫、發光免疫、免疫、電化學免疫等非放射性免疫和放射性免疫，其中酶聯免疫吸附法廣泛應用于飼料霉菌毒素檢測（ELISA）還有膠體金免疫層析法。食品真菌毒素檢測儀采用酶聯免疫吸附法。
免疫檢測方法適用于飼料廠、糧油/食品加工廠、農場等企業對原材料或成品的檢測和工商質量監督部門的現場檢測，因為它具有快速、靈敏、準確、可定量、操作簡單、無貴重儀器設備、樣品純度要求低等特點。